2018年10月1日，本庶佑因在肿瘤免疫治疗领域做出的贡献而获得2018年诺贝尔生理学或医学奖。
本文系根据近二十年来本庶佑在各种场合所做的公开演讲及媒体访谈，选择其中与求学、研究及创新的方法论密切相关的内容进行翻译、整理而成。科研方法应该是多元的，每位学者都可能有适合自己的方法，本庶佑的方法是其中很有特色的一元。
关于选择
我做了这么多年研究，一直都觉得做研究很快乐。我从没有感到痛苦而想要放弃研究的时候。不过，不管是谁，或多或少都曾考虑过自己生命的意义。有的人想赚钱，也有的人想把一生倾注在自己喜欢的事情上。人各有所好。因此，并不是所有的学生都成为研究者就是一件好事。我倒是希望大家不要做出错误的选择。也就是说，作为一名研究者，你要坚持下去的话，必须有“我很想弄明白……”这样强烈的原动力。
如果你觉得“我不知道自己要做什么”的话，那你要一直坚持下去做研究就会比较困难。如果只是把研究当做谋生的职业而不能从中找到乐趣，我认为，世界上还有很多比起做研究更为舒适的工作。你不妨考虑其他职业。在孩提时代，每个人都拥有着许多种可能性。你既可能成为职业棒球选手，也可能成为歌剧演唱家。
但是，到了二十岁左右，我们就知道了自己的局限，就会因种种原因而将各种可能性自行消去，同时也会追问自己到底想做什么。无论是谁，都要过这一关。此时，你只能严肃认真地对各种可能性加以权衡，选择“自己想做的事、擅长做的事”。特别是在年轻人中间，有一种倾向，认为文章发表在有名的刊物上就是一流的工作。确实，以前日本的学者在顶级刊物上发表的文章不多。
但是，与许多人的想象不同，真正一流的工作往往没有在顶级刊物上发表。这是因为，一流的工作往往推翻了定论，因此不受人待见，评审员会给你提很多负面的意见，你的文章也上不了顶级刊物。迎合时代风向的文章比较容易被接受，否则的话，需要花费较长时间才能获得认可。
如果你的研究不能推翻定论，科学也就不能进步。当然，你的研究也不会载入史册。学术的世界是保守的。如果你不按现有的定论来写论文，你的论文就很难获得肯定，你也会吃到不少苦头，但能够载入史册的研究都是这种研究。
我认为，发表在 Cell、Nature、Science 上的工作未必就是好研究，倒是被 Cell、Nature、Science 拒绝的时候，你的研究或许才是真正一流的工作。你既然选择了做一名研究者，就应该力争打开新的局面，做别人从没有做过的工作，或力争将现有的定论推翻。研究者要认识到，这才是第一流的研究。我认为，为了让论文更容易被知名刊物接收而做的研究，绝不会是很好的工作。
我认为 Nature、Science 这些杂志上的观点有九成是不正确的，论文发表十年之后，还能被认为是正确的只剩下一成。首先，不要相信论文里写的东西。对于研究，要一直钻研到眼见为实、让自己确信为止。这是我对科学采取的基本做法。也就是说，用自己的大脑思考，一直做到自己完全想通、完全认可为止。
关于论文
怎样才能写出好的论文，这是一个非常重要的问题。现在市面上也有出售关于如何撰写论文的书籍，不过，不同的指导老师有不同的处理方式。有的指导老师不怎么让研究生写论文，而只是让他们做实验得出数据，然后由自己来写。也有的老师是让研究生写完后，自己再加以修改。重要的是要师从好的老师。
我一般会让研究生写论文。写完之后给我看，有时候我看了，会觉得还不如我自己从头开始写来得更省事。但除非情况非常特殊，我一般都会让学生写。即使整篇文章只有一行可用，我也会努力挽救。我把文章改得整篇通红，返回到学生那里，学生会感到很失望，
但我认为这么做也是一种教育。在学术的世界里，论文非常重要。只靠口头发表，是不能获得国际的认定。也就是说，仅凭口头发表是不能拥有某个科学发现的优先权，人们不会因此认定这项工作是由你最早做出来的。所以，研究成果一定要写成论文发表。因为是某月某日的投稿，相差一两天就判定某人具有优先权，我个人认为这是很无聊的。但学术有竞争，取得的研究成果，应该尽快写成论文，应该尽快投稿。
关于研究
京都大学有一个传统，那就是“与其第一，不如唯一”。这一点对于生物学研究来说非常重要。对于自己的发现，持续地研究下去，从那里扩展开来，世界就会变得很宽阔。这一点就是我做研究的乐趣。不是说我看到别人挖到了金矿，就马上跟进去凑热闹，成为众多淘金者中的一员，而是沿着自己已有的发现，持续地深挖下去。这样，反而是其他研究者会凑过来研究你的课题。
研究者最大的乐趣，打个比喻来说，就是发现其他所有人都视而不见的小涌泉，把它培养成小河，再拓宽成大河。或者说，就像是闯入深山，在无路处开出一条路，第一个在那里搭起了一根独木桥，而绝不是把别人已经搭好的独木桥改建为钢筋水泥筑成的大桥。生物学的研究领域很广，有很多新的东西。在这种情况下，如何找到以前人们从未曾想到的新东西来？
实际上，生物学也有困难的一面。单纯演绎的手法是行不通的。也就是说，不能说如此这般那般地做了，就会有新的发现。因此，不管是多么小的事物，只要是别的研究者还没做的研究，都可以去做。这一点很重要。作为一名研究者，你要取得成功，最重要的一点，是在研究生入学时要选择好的导师。
不能只道听途说，而是要把导师写的论文找来读，看看自己想要做的研究是否与之相符。你要把自己的一生当做赌注押下去，就要选择认真做研究的导师，无论这位导师是多么严厉。反过来说，认真做研究的导师就会成为好导师，会培养出好学生。跟随这样的导师学习对自己有益。其次，必须认真考虑自己想做什么。如果你自己不喜欢研究的话，就做不了好研究。
最能打动你的心灵、使你兴奋不已的东西是什么？要时常意识到这一点，这一点很重要。然后，要深入地进行思考。我自己想到的第一个模型，是在指导学生实习等等工作非常繁忙的时期。我好像有个特技，就是工作越是繁忙，我的精神就越集中。我想到那个模型时，就是在晚上从大学回家的电车上。那是晚上十点钟左右。所以，要在大脑里时时考虑着自己的问题，这一点很重要。
第三，在集中精力思考的同时，也要拥有广阔的视野。生命现象并不只是建立在一个分子的基础之上的。在对自己的模型深入观察的同时，不能迷失了整体的面貌。这种广阔的视野要怎样培养出来呢？这就需要在年轻时尽可能地与许多人接触，拓宽自己的眼界。这一点也很重要。
第四，要掌握好英语。在卡内基研究所和NIH（美国国立卫生研究院），聚集了来自全世界的优秀研究者，相互进行着各种信息交流。因此，掌握英语是必须的。等上了研究生再学习英语已经太迟了。语言必须熟练掌握，使交流没有障碍。读、写、说的能力都要具备。
今后必须是国际人，才可能成为优秀的研究者。关于创新创新是一种结果。从异想天开的想法开始，其结果改变了世界。亚马逊、脸书刚出来时，大家都觉得“不可能成功”，“怎么可能赚到钱”，对它们嘲讽有加。在当时，谁也不曾料到它们会发展成为世界级大企业。
现在回过头来看，那是一种创新。创新不应该由政府来指挥。由政府来指示要这样做或那样做，完全是愚蠢的。政府官员能想到的事情，其他人也都能想得到。象把火箭送上月球那样的计划，只要花钱就能做到的事情，绝不是创新。用钱能够解决的问题和创新，完全是两个不同层面的问题。政府不应该多加管制，而应梳理、创造环境，让那些异想天开的人能够更容易进行挑战。
创新的基础是学术。如果学术力量薄弱，只是引进了技术，那么很显然，过不了多久，技术就会枯竭。日本的学术从明治维新开始，走了150年，一直到了今天才开始开花。但日本要将这个基础打扎实，还需要时间。日本必须具备“接下来的150年要怎么办”的长远眼光。日本需要更有魄力的举措，培育出更为彻底、更加扎实的学术来。